Загружаем в photoshop картинку с анимацией и *.gif расширением. Далее загружаем водный знак, например с расширением *.png. И сверху в photoshop снимаем галочку — commit transform
В свойствах слоя, выбираем слой с водным знаком и переставляем его в самое начало
Переходим в File -> Save for Web
Здесь указываем необходимые настройки (расширение обязательно .gif), здесь также можно просмотреть анимацию, нажав кнопку со значком треугольника вправо.
Далее сохраняем gif c водным знаком — Save
Результат сохранения анимации с *.gif расширением и watermark с расширением .png.